Drugi svjetski rat u Međimurju počeo je njemačkim bombardiranjem ciljeva u Čakovcu 6. travnja 1941. godine. Ustaška vlast trajala je svega nekoliko dana nakon proglašenja NDH. Naime, mađarska je vojska upala u Međimurje i zauzela ga 16. travnja 1941. godine.
Već iste godine počinje progon hrvatske inteligencije i činovništva iz čitavog Međimurja, na čijem je području uvedena civilna uprava te su formirani kotarski sudovi u Prelogu i Čakovcu. U proljeće 1944. počinje masovna deportacija Židova koji su odvedeni u Nagykanizsu, a zatim u Auschwitz.
Oslobađanje Međimurja od mađarske okupacije počinje 31. ožujka 1945. savezničkim bombardiranje Čakovca. Nakon toga Mađari se povlače u velikom broju. Grad Čakovec oslobodila je bugarska vojska i Crvena armija uz pomoć lokalnih partizanskih jedinica 6.4.1945., nakon čega je Međimurje vraćeno Hrvatskoj.